Моето предположение е, че сървърът е 64-битов сървър, нали? Ако е така, агентът ще изпълнява SSIS в 64-битов режим и това причинява несъвместимост с изпълнимите файлове.
В заданието на агента, в раздела Опции за изпълнение, отметнете „Използване на 32-битово време за изпълнение“ и трябва да е наред.
Въпросът е маркиран като 2008, но ако си спомням правилно, 2005 SQL Agent задачи от тип SQL Server Integration Services Package нямаха опция за изпълнение в 32-битов режим и по подразбиране всичко се изпълняваше в 64-битов режим. За да се заобиколи това, трябва да се изпълни команда на OS и да се извика 32-битовия dtexec.exe, който най-вероятно се намира в C:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\100\DTS\Binn\DTExec.exe