Ако ще прочетете статия тук:https://dba.stackexchange.com/questions/692/sql-server-2008-cross-database-performance-on-same-physical-machine-and-server ще разберете, че няма да имате намаление на производителността, защото оптимизаторът на заявки ще бъде само един. Разликата ще бъде само ако ще използвате междуинстанционни заявки. В този случай заявката ще бъде анализирана от отделни анализатори на заявки и в двата екземпляра.
Възможните проблеми, които могат да възникнат във вашия случай, са свързани с управлението. Прочетете как да управлявате собствеността върху различни бази данни тук:http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms188676.aspx
