Първо трябва да създадете миграция.
Add-Migration RunSqlScript
След това в генерирания файл за миграция можете да напишете своя SQL.
// PLAIN SQL
Sql("UPDATE dbo.Table SET Created = GETDATE()");
// FROM FILE
var sqlFile = Path.Combine(AppDomain.CurrentDomain.BaseDirectory, @"Custom.sql");
Sql(File.ReadAllText(sqlFile));
След това стартирате
Update-Database