Бих настроил проследяване в SQL Server Profiler, за да видя какви настройки за SET опции използва връзката при свързване от .NET код и какви настройки се използват в SSMS. Под SET опции имам предвид
ARITHABORT
ANSI_NULLS
CONCAT_NULL_YIELDS_NULL
//etc
Разгледайте MSDN за таблица с опции
Виждал съм проблема преди, където опциите са различни (в този случай ARITHABORT ) и разликата в производителността беше огромна.
