Сигурни ли сте, че заявката не работи? Опитайте:
SELECT TOP 100 '~'+ t.notes +'~'
FROM TABLE1 t
TOP 100
ще ограничи резултатите до първите 100 реда, достатъчно, за да добиете представа дали наистина има място в изхода. Ако има и RTRIM/LTRIM не го премахва - тогава нямате работа с символ на интервал. В такъв случай опитайте:
UPDATE TABLE1
SET notes = REPLACE(notes,
SUBSTRING(notes, PATINDEX('%[^a-zA-Z0-9 '''''']%', notes), 1),
'')
WHERE PATINDEX('%[^a-zA-Z0-9 '''''']%', notes) <> 0