Прав си, System.Data не е там (търсих същото, когато за първи път започнах да се забърквам с WinRT). Вие също няма да можете да го направите. Ако искате да говорите със SQL база данни, ще трябва да използвате някакъв друг протокол (WebService, SOAP, WCF и т.н.).
Има налични портове за SQLite, които изглежда работят, което ще ви даде опция за локална DB, но не и базирана на сървър, без да използвате някакъв посредник, за да стигнете до DB.
Като странична бележка, аз лично бих искал да видя настолно приложение Metro, което може да се свърже към SQL Express база данни например, но в момента не е в картите, без да скача през обръчи.