Е, в крайна сметка аз отговарям на собствения си въпрос:Това не е възможно да се използва удостоверяване на Windows от Linux машина с помощта на Microsoft JDBC драйвер. Това е възможно с помощта на драйвера jTDS JDBC, като се използва следния низ за връзка:
jdbc:jtds:sqlserver://host:port;databaseName=dbname;domain=domainName;useNTLMv2=true;
Благодаря на всички за всички коментари