Изходният масив на MySQL/PHP повтаря заявката и след това показва резултат, как мога да премахна заявката?

Преди всичко бих ви препоръчал да използвате подготвени отчети.

Второ, получавате заявката си като ключ от масив, защото резултатът няма псевдоним, затова го виждате във вашия масив.

Трето, всъщност не се нуждаете от EXISTS тук.

Четвърто, тук също нямате нужда от цикъл:

$query = "SELECT COUNT(*) FROM wp_woocommerce_order_items as item_exists WHERE order_id = $sdata";
if ($result = mysqli_query($conn, $query)) {

    $newArr = array();
    $value = mysqli_fetch_object($result);
    $newArr[] = (bool) $value->item_exists;

    echo json_encode($newArr); // get all products in json format.    
}

Използване на подготвени изрази:

$stmt = $mysqli->prepare('SELECT COUNT(*) as item_exists FROM wp_woocommerce_order_items WHERE order_id = ?');
$stmt->bind_param("i", $sdata);
$stmt->execute();
$result = $stmt->get_result();
$row = $result->fetch_assoc();
$stmt->close();

echo json_encode((bool) $row['item_exists']);