Защо да използвате подизбор? INSERT INTO ... SELECT съществува:
INSERT INTO crawlLog (companyId, timeStartCrawling)
SELECT companies.id, NOW()
FROM companies
LEFT OUTER JOIN crawlLog
ON companies.id = crawlLog.companyId
WHERE crawlLog.companyId IS NULL
LIMIT 1
И по този начин не трябва да се оплаква от използването на таблица както в частта INSERT, така и в частта SELECT