Накрая успях да го разбера...
Всичко, което трябваше да направя, беше да добавя:--single-transaction=TRUE
до началото на първоначалната ми заявка. IE:
mysqldump --single-transaction=TRUE -u root -p db > C:\FileLocation
Което позволява на процеса да работи, без да се налага да заключвате таблици.