mysqlimport cmdline-tool има поддръжка за импортиране на csv-файлове, а IIRC поддържа картографиране на различни колони в csv в различни колони във вашата таблица.
http://linux.die.net/man/1/mysqlimport
Осъзнавам, че това е просто обвивка на cmd-ред към оператора LOAD DATA INFILE sql, който може да се използва вместо него.
Ако трябва да реорганизирате данните, можете просто да импортирате csv файла в еквивалентна таблица и оттам да вмъкнете ... изберете от