Най-накрая намерих решението, след като прочетох ръководството по-долуhttps://downloads.mysql. com/docs/connector-net-en.pdf
Има опция за свързване, наречена Use Affected Rows, Use AffectedRows
Стойността му по подразбиране е false.
А описанието казва:
Когато се използва; Не задава флага CLIENT_FOUND_ROWS при свързване със сървъра
Изглежда, че MySQL Workbench и MySQL Command Line не използват флага CLIENT_FOUND_ROWS по време на връзка, където MySql .Net Connector го използва по подразбиране.
От INSERT ... ON DUPLICATE KEY UPDATE документ на https://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/insert-on-duplicate.html
Решение:Добавете това към низа за връзка
Use Affected Rows=true
