Ако вашият файл всъщност е csv файл с полета, разделени със запетая, трябва да посочите разделителя на полета.
LOAD DATA INFILE '$file' INTO TABLE $tbl_name FIELDS TERMINATED BY ','
Ако не посочите разделителя на полето, mysql счита разделителя на полето за разделител (\t).
В случай, че файлът е създаден с връщане на каретка, повечето приложения на Windows правят това, вие също трябва да добавите в края на израза:
LINES TERMINATED BY '\r\n'