Вероятно това се случва, след като използвате mysql_fetch_array (или подобно).
Трябва да добавите флаг, за да посочите какъв тип масив искате да бъде върнат или PHP приема и двете.
т.е. mysql_fetch_array($result_set, MYSQL_ASSOC|MYSQL_NUM|MYSQL_BOTH)
