CSV няма концепция за „Нули“. Невъзможно е да се направи разлика между поле, което е нула, и поле, което има законно празна стойност (напр. празен низ). Ще трябва да масажирате редовете, докато ги зареждате преди вмъкване на заявка, за да замените всички „празни низове“ с подходящи NULL
напр.
$row = fgetcsv(...);
$row[0] = 'NULL';