Включете номера на реда в имената на всички квадратчета за отметка. Изпращат се само квадратчетата с отметка и PHP ще ги индексира всички от 0
ако нямат изричен индекс -- няма да видите празни стойности за квадратчетата за отметка, които са пропуснати.
for($i=0;$i<$jumlah;$i++) {
echo "<tr>
<td align='center'><input type='text' name='PROSES[]' placeholder='Input Proses $i'/></td>
<td align='center'><input type='checkbox' name='NOTIF[$i]' value='Yes'/></td>
<td align='center'> <input type='checkbox' name='REMINDER[$i]' value='Yes'/></td>
<td align='center'> <input type='checkbox' name='DECISION[$i]' value='Yes'/></td>
<td align='center'> <input type='checkbox' name='AUTHOR[$i]' value='Yes'/></td>
<td align='center'><input type='text' name='SIAPA[]' size='40' placeholder='dari siap ke siapa' /></td>
</tr>";
}//end for