Приложете php/MySql while цикъл в javascript обект

<?php
include("regDBConnect.php");

// collect all the results
$rows = array();

$result1 = mysql_query("SELECT * FROM Phase where Pid = 1", $db) or die("cannot select");
while($row = mysql_fetch_array($result1)) {
  $rows []= array(
    'id' => $row['id'],
    'parent' => $row['parent'],
    'name' => $row['name'],
  );

  /*
     if you remove the line above and uncomment this instead,
     javascript objects will see all the properties you selected from the DB 
   */
  // $rows []= $row;
}
?>

<script type="text/javascript">
// now output the collected results
var treeData = <?php echo json_encode($rows); ?>;
</script>

Обърнете внимание, че това, което казах за PDO/MySQLi, все още е в сила, това е само минимален пример за отговор на този конкретен въпрос. (И като цяло трябва да ИЗБЕРЕТЕ само онези колони, от които се нуждаете, а не * .)