Как да внедря тази програма за импортиране в таблица, без да използвам израза INSERT INTO SELECT?

Можете (и трябва) да включите заявката за избор на идентификатор на концепция в IN клауза:

INSERT INTO snomedinfo_data (refid, id, effectivetime, active, moduleid, conceptid, 
                             languagecode, typeid, term, caseSignificanceid) 
    SELECT refid, id, effectivetime, active, moduleid, conceptid, 
                    languagecode, typeid, term, caseSignificanceid 
           FROM snomed_descriptiondata 
           WHERE active = 1 AND conceptid IN 
               (SELECT cd.id FROM snomed_conceptdata cd WHERE cd.active = 1)

По този начин трябва да можете да правите всичко в един оператор, което ще бъде с порядъци по-бързо от обработката на едни и същи данни ред по ред (т.е. бавно по бавно) от JDBC драйвера.