Предпочитам да поставя всяка по-голяма заявка в един файл. По този начин можете да имате подчертаване на синтаксиса и е лесно да се зареди при стартиране на сървъра. За да структурирам това, обикновено имам една папка за всички заявки и вътре в нея по една папка за всеки модел.
# queries/mymodel/select.mymodel.sql
SELECT * FROM mymodel;
// in mymodel.js
const fs = require('fs');
const queries = {
select: fs.readFileSync(__dirname + '/queries/mymodel/select.mymodel.sql', 'utf8')
};