методът table_exists() може да не работи правилно

Опитайте да използвате var_dump() вместо echo . Булевите стойности не работят добре с echo .

var_dump( $this->db->table_exists('users') );

изходният код от table_exists изглежда така:

function table_exists($table_name)
{
    return ( ! in_array($this->_protect_identifiers($table_name, TRUE, FALSE, FALSE), $this->list_tables())) ? FALSE : TRUE;
}

Актуализация от коментари

Ако погледнете _protect_identifiers той добавя името на базата данни към името на таблицата. Но трябва да има . между db.table . Може би вашата db конфигурация е объркана?