Не знам как импортирате CSV файловете, но начинът, по който аз бих направил, е да напиша скрипт (php/perl), за да прочете всеки файл, да закръгли или изреже клеймото за време до секунди и да изпълни оператори INSERT в БАЗАТА ДАННИ.
Нещо като
<?php
$file=fopen("your.csv","r");
mysql_connect ($ip, $user, $pass);
while(!feof($file))
{
$line = explode(',',fgets($file));
mysql_query("INSERT INTO TABLE1 (ID, DATE) values (".$line[0].", ".substr($line[1],0,19).")");
}
fclose($file);
?>
Изпълнете това от командния ред и трябва да свърши работата