MySQL Изберете от категория в таблица y, където Броят (на продукта на категорията от друга таблица) е по-голям от нула

Можете да използвате EXISTS :

SELECT category, categoryID 
FROM categories AS c
WHERE EXISTS (SELECT 1 
              FROM products AS p
              WHERE p.categoryID  = c.categoryID )

или INNER JOIN :

SELECT DISTINCT category, categoryID 
FROM categories AS c
INNER JOIN products AS p ON p.categoryID  = c.categoryID

или IN оператор:

SELECT category, categoryID 
FROM categories 
WHERE categoryID IN (SELECT categoryID FROM products)