Просто добавете --quiet флаг (игнорирайте актуализациите на състоянието, докато заданията се изпълняват) и го насочете към awk :
query1="bq query --quiet --format=csv 'SELECT COUNT(1) as Count FROM [dataset.tablename] WHERE _PARTITIONTIME = TIMESTAMP(\"$date\")' | awk '{if(NR>1)print}'"
