Създайте многостепенен JSON с PHP и MySQL

JSON_OBJECT се връща на PHP като низ (като prodigitalson коментирано)

Искате да имате всичките си данни като асоциативен масив.

За да направите това, в примера, който публикувахте, json1 трябва да се предаде през json_decode .

while ($row = mysqli_fetch_assoc($result)) {
        $row['json1'] = json_decode( $row['json1'], true ); // <----
        $resultArray[] = $row;
}
return $resultArray;

Сега трябва да получите желания резултат:

echo json_encode($resultArray);