Има ли команда MySQL, която премахва всички индекси с изключение на PRIMARY индекс?

Не мисля така, това, което можете да направите, е да създадете копия, но това няма да копира индекса. например ако направите createcreate table1 като (изберете * от table_2), той ще направи копие, но без индекс или PK.