Опитайте да изпълните REPAIR на таблицата, към която току-що сте ги добавили, за да (пре)изградите пълнотекстовите индекси:
REPAIR table foo
Също така имайте предвид, че пълен текст ще работи само върху varchar или текстови колони. В краен случай бих опитал да рестартирам MySql.
Следващата страница обхваща почти всичко:
http://dev.mysql.com/doc /refman/5.1/en/fulltext-fine-tuning.html
Надявам се, че това помогна.