Резултатът от сравнение в MySQL е 0 или 1 . Така че Stock > 0 е 1 ако true . И 1 и по-голямо от 0 . Така че или използвайте
ORDER BY Stock = 0 ASC, Price DESC
или
ORDER BY Stock > 0 DESC, Price DESC
или
ORDER BY case when Stock > 0
then 1
else 2
end,
Price DESC