Просто опитвам тук (не съм 100% уверен), но опитахте ли да добавите целевите колони по този начин:
mysql_query("LOAD DATA LOCAL INFILE '".$_FILES['my_file']['tmp_name']."'
INTO TABLE table_tracking FIELDS TERMINATED BY ','
OPTIONALLY ENCLOSED BY '\"'
LINES TERMINATED BY '\n'
(tracking_number,order_id)");
Имате три колони в таблицата си и предоставяте само две данни.