Мисля, че искате:
INSERT INTO Contacts (id,group_id,company_id,email,name)
SELECT co.id,co.group_id,co.id,co.email,co.name
FROM company co
LEFT JOIN contacts c ON co.id = c.company_id
WHERE c.company_id IS NULL
Това ще вмъкне цялата информация от контакти в компанията, която все още не е била там. телефонът на колоната ще бъде оставен нулев, тъй като няма информация в контактите за тази колона.