Изглежда проблемът не е в catalog_product_website
маса. Проблемът в таблицата с индекс на цените, може би има някои стари записи от предишна версия, които трябва да бъдат изтрити. Бих ви препоръчал да преиндексирате всички индекси. Пълният процес на преиндексиране първо изчиства индексната таблица и след това попълва таблицата с данни. Би трябвало да помогне.
Ако пълното повторно индексиране не помага, тогава е възможно вашата вноска да има модули, които спазват prepare_catalog_product_price_index_table
събитие, което променя избора за повторно индексиране по начин на допълнително присъединяване, което умножава броя на редовете със същия първичен ключ. Това също може да причини такава грешка.
Наздраве, Иван