Класове, които са във вашия оригинален <select> се копират в <div> генериран от Select2, така че не трябва да очаквате да получите оригиналния си <select> просто с помощта на селектор на клас.
Това, което се случва в момента е, че задавате .html() на <div> вместо <select> , поради което вече не се показва правилно. Вместо да правиш
$(".cr_coursedescription").html(html);
Трябва да опитате
$("select.cr_coursedescription").html(html);
Така че получава само <select> елемент.
