Бих предложил да се насочите към простота на поддръжка и мащабируемост (която RDS очевидно осигурява много по-добре от локалния MySQL) засега над производителността.
По-късно, когато получите недостатъчна продукция за долар, платен за Amazon, можете да започнете да измервате внимателно, за да намерите тесни места.
Независимо от това, ако сте свикнали да поддържате частни плътно опаковани VPS сървъри — локалния MySQL може да бъде по-лесен за поддръжка и трябва да използвате външни услуги много по-късно :)