Вашият метод за проверка за NULL вероятно е проблемът. В MySQL опитайте следното:
SELECT `id` FROM `users` WHERE `username` = "test" AND `id` IS NOT NULL;
За да проверите за NULL и празен низ, можете да използвате:
SELECT `id`
FROM `users`
WHERE `username` = "test"
AND (`id` IS NOT NULL OR `id` != "");