Вие търсите само име на колона от всички имена на колони в целия MySQL екземпляр. Трябва също да филтрирате по схема (=база данни) и имена на таблици:
IF EXISTS(SELECT * FROM INFORMATION_SCHEMA.COLUMNS WHERE COLUMN_NAME = N'CustomerVariable1Value' AND TABLE_NAME = 'MyTableName' AND TABLE_SCHEMA = 'MyDatabase')