Много, много неща могат да причинят тази грешка . Според моя опит това обикновено е SQL файл с размер над 1MB или чакането на изчакване във вашите сървъри my.cnf е настроено много ниско (шестдесет секунди) трябва да бъде правилно настроено. Когато разгръщате my.cnf, опитайте wait_timeout 86400 и max_allowed_packet от "достатъчно", за да импортирате този файл.
Например:
[mysqld]
wait_timeout = 86400
max_allowed_packet = 1GB
PS Не бих препоръчал този висок от параметрите в реалното производство.