mySQL сума от две стойности в 2 различни таблици

Трябва да UNION двете таблици:

SELECT reference, SUM(quantity) AS total_quantity
FROM (
  SELECT reference, quantity
  FROM table_1

  UNION ALL

  SELECT reference, quantity
  FROM table_2) AS t
GROUP BY reference

По този начин гарантирано ще получите запис за reference стойност, дори ако се съдържа само в една от двете таблици.