Най-вероятно това е така, защото пулът от приложения, в който се изпълнява MVC приложението, има режим на конвейер, зададен на Интегриран. Ако настроите класически, трябва да работи добре. Някои обяснения, дискусии и връзки тук:
HttpContext.Current .User е нулев, въпреки че удостоверяването на Windows е включено