Ако mysql_num_rows е равно на НУЛА, НЕ работи

Count ще върне стойност и не можете да преброите и след това да извикате mysql_num_rows. То е или едно от другото.

Можете да направите

$isExist = mysql_query("Select count(id) from ..."); 
$r = mysql_fetch_array($isExist);
if($r['COUNT(id)'] > 0){
//item exists
}else{
//item doesnt exist
}

Ако алтернативно, можете да направите заявката като:

$isexist = mysql_query("select * from wcddl_filehosts where downloadid = '".$download[id]."'");
if(mysql_num_rows($isExists)>0){
//we have items
}else{
//we dont have items
}