От въпроса ви предполагам, че можете да работите с вашата база данни перфектно, но тази грешка се случва често след определен период от време, в което връзката е изградена...
Да предположим, че използвате node-mysql
Източник:https://github.com/felixge/node-mysql #error-handling
Вашата грешка прекъсва връзката ви с базата данни :
// I am Chuck Norris:
connection.on('error', function() {});
От това можете да проверите състоянието на връзката и да извършите повторно свързване, ако е необходимо.
Можете също да опитате да се свържете ръчно с вашата услуга mysql и да промените времето за изчакване на заявката:
wait_timeout” : the amount of seconds during inactivity that MySQL will wait before it will close a connection on a non-interactive connection in seconds.
http://www.serveridol.com/2012/ 04/13/mysql-interactive_timeout-vs-wait_timeout/
https://support.rackspace.com/how-to/how-to-change-the-mysql-timeout-on-a-server/
