Забелязвам, че много от вашите InnoDB нишки са заседнали в състояние на "почистване".
Има грешка https://bugs.mysql.com/bug.php?id=78777 за нишките, заседнали в това състояние. Съобщава се, че е коригиран в MySQL 5.6.35, 5.7.17, 8.0.1. Трябва да надстроите до тези версии, ако още не сте го направили.
Друго предложение е да увеличите размера на table_open_cache . Наблюдавайте променливите на състоянието Open_tables и Opened_tables .
Още четене:
- https://dev.mysql.com/ doc/refman/5.7/en/table-cache.html
- https://dba.stackexchange.com/ questions/45551/how-to-optimize-table-cache за някои съвети.
