Най-накрая поправих този проблем. Моето приложение има многонишковост, за да използва същата връзка, изглежда не е подходящ начин за достъп до mysql, така че когато не споделям връзка, проблемът е изчезнал.
Под „threadSafety“ в Ръководство за потребителя на MySQLdb :