В допълнение към коментарите открих друга причина, която може да причини проблема, че не са изброени схеми:
Сблъсквам се с това, докато се опитвам да се свържа с друга база данни с други схеми, отколкото преди.
Отидете на Проект -> Свойства -> JPA и деактивирайте/махнете отметката от Отмяна на схемата по подразбиране от връзката
Ако има избрана схема, която не съществува в избраната база данни, няма да се показват схеми при създаване на обекти. За мен проблемът беше, че Eclipse се опитваше да покаже схема от базата данни преди това.
