Текущата ви заявка е противоречива, тъй като един ред никога не може да съответства на клаузата WHERE. Предполагам, че искате нещо подобно.
SELECT product_id
FROM table
WHERE (key='free_shipping' and value='yes') or (key='price' and value='5')
GROUP BY product_id
HAVING COUNT(DISTINCT key) = 2