Вместо mysql, опитайте проста команда като :
pwd
echo a > b
, само за да видите дали виждате файлb
на вашия хост.
Трябва да направите това пренасочване вътре в контейнера в папка, която е била монтирана от хоста (използвайки обем ), за да може създаденият файл да се запази, след като docker exec излезе от контейнера.