Най-вероятно е работата в мрежа да е изключена, което означава, че mysql сървърът комуникира с клиенти чрез UNIX сокети, а не чрез TCP/IP. Можете да проверите това, като стартирате mysql клиент и изпълните командата "status". Ако видите номера на порта там, тогава вашият mysql сървър комуникира чрез TCP/IP, или в противен случай ще видите нещо като „име на пътя на сокета…“, вземете името на пътя и го дайте на параметрите на връзката на node.js, напр.
...socketPathname:'/opt/lampp/var/...',...
Вижте това в https://github.com/felixge/node-mysql страница (търсете "socketPathname")
Надявам се, това е твой проблем.