Разработих много от компонента Zend_Db за Zend Framework през версията 1.0. Целта беше адаптерите да функционират идентично или толкова близо до него, колкото може да се поддържа от разширението на PHP.
Същият набор от модулни тестове може да се изпълнява и срещу двата MySQL адаптера, практически без разлика. По отношение на производителността няма измерима разлика.
Причината, поради която бихте избрали едно пред друго, и единствената причина, поради която поддържахме Mysqli изобщо, вместо само PDO_MySQL, е, че трябва да разположите в PHP среда, където нямате активирано разширението PDO и не нямам привилегията да променям средата. Например среда за стокова хостинг.