MySQL не прави този вид заявка лесна, но едно (признава се не много красиво) решение е да се използва променлива, за да се даде на всеки ред пореден номер за дестинация и просто да се групират по числото на ред, разделено на 2, за да се получат две числа в всяка група;
SELECT dest, GROUP_CONCAT(port ORDER BY rank) ports
FROM (
SELECT dest, port, (
CASE dest WHEN @curDest
THEN @curRow := @curRow + 1
ELSE @curRow := 1 AND @curDest := dest END) rank
FROM tb_port a
JOIN tb_rule c ON a.id = c.id_port
JOIN tb_dest b ON b.id = c.id_dest,
(SELECT @curRow := 0, @curDest := '') r
ORDER BY dest
) z
GROUP BY FLOOR(rank/2),dest
ORDER BY dest, MIN(rank)