Въпреки че не съм сигурен какво конкретно предизвиква проблема (изглежда, че една отворена връзка може по някакъв начин да се окаже в счупено състояние от страната на RDS клъстера), изглежда, че проблемът е раздразнен от агресивното обединяване на връзки и повторно използване на клиентската страна се случва в MySQL .NET конектора.
След като проблемът възникне, засегнатите връзки изглежда просто остават в пула, като произволно се качват обратно от пула и се използват отново и отново. (Много вероятно е свързано с начина, по който виждате, че проблемът продължава да се появява на случаен принцип, след като е започнал.)
Добавяне на Connection Lifetime=xкод>
към низа на връзката, като x е времето в секунди, през което връзката се поддържа жива за повторна употреба, изглежда най-малкото намалява симптомите.