Доколкото знам, не можете директно да предавате променливи в MySQL скрипт. Най-доброто, което можете да направите, е да зададете потребителски променливи в скрипт за обвивка. Нещо като:
passed_var1=$1
passed_var2=$2
mainsql=script.sql
mysql $(usual_parameters) -e "set @user_var1=$passed_var1; set @user_var2=$passed_var2; source $mainsql"
Коригирайте за действителна употреба, разбира се.