И преди съм имал този проблем. Свойството ConnectTimeout се прилага само за изчаквания, които възникват при свързване към базата данни, а не за заявки.
CommandTimeout обаче указва колко време трябва да чака за връщане на заявката. Мисля, че по подразбиране е 30 секунди. Проверете два пъти документацията за вашата MySql библиотека, но за SqlCommand CommandTimeout е в секунди, а не в милисекунди.
